El doctorando elegirá,al incorporarse al programa de doctorado, una especialidad para su investigación y la Comisión Académica del Programade Doctorado le asignará un tutor entrelos investigadores vinculados a esa línea de investigación. La Comisión Académica, oído el doctorando, podrá modificar el nombramiento de tutor y/o de director en cualquier momento del periodo de realización del doctorado, siempre que concurran razones justificadas y en consonancia con lo descrito en las Guías de Buenas Prácticas, disponibles para todas las universidades participantes en el Programa y herramientas de ayuda a doctorandos y a directores para culminar la realización de un proyecto de tesis doctoral, conjunto de recomendaciones y compromisos para el desarrollo de las tesis doctorales y establecen los mecanismos para la resolución de los posibles conflictos.
En cuanto al procedimiento utilizado por la comisión académica para el posible cambio en la asignación del director, una vez oído el estudiante, será necesaria su aprobación por mayoría absoluta en el seno de la Comisión Académica.

La Comisión Académica del Programa de Doctorado asignará al doctorando un director/a o directores/as de Tesis en el primer trimestre del primer curso, de común acuerdo con el doctorando y el investigador propuesto por éste para desempeñar dicha función. El director de tesis será el máximo responsable de la coherencia e idoneidad de las actividades de formación, del impacto y novedad en su campo de la temática de la tesis doctoral.
El directorde la tesis será un profesor o investigador de las siete universidades participantes en el programa que posea el título de doctor y experiencia investigadora acreditada, sin perjuicio de que puedan incluirse doctores de otras universidades einstitutos de investigación como co-directores. Para acreditar dicha experiencia se considerará suficiente que el director propuesto tenga reconocido un tramo de investigación (sexenio) y mantenga otro vivo, o bien que haya dirigido anteriormente al menos dos tesis doctorales, o bien que participe en un proyecto de investigación financiado por convocatoria competitiva de ámbito nacional o internacional.
La tesis podrá ser codirigida por varios doctores cuando concurran razones de índole académica, como puede ser el caso de la interdisciplinariedad temática o los programas desarrollados en colaboración nacional o internacional, previa autorización de la Comisión Académica del Programa de Doctorado. Dicha autorización podrá ser revocada con posterioridad si a juicio de la Comisión Académica la codirección no beneficia el desarrollo de la tesis.

Una vez asignado el director, se firmará la Carta de Doctorado, un documento de compromiso que establece los derechos y obligaciones del doctorando. Será firmada por el doctorando, el director de la tesis, el tutor y el coordinador de la Comisión Académica del Programa de Doctorado. A pesar de tratarse de un programa interuniversitario, hay un único procedimiento utilizado por la comisión académica para el control del documento de actividades de cada doctorando, la certificación de sus datos y la valoración anual del Plan de Investigación.